Los AAS son utilizados por los atletas en dosis que exceden de 10 a 50 veces o más los niveles fisiológicos. Esto conduce a condiciones hiperandrogénicas en el organismo y se produce un desequilibrio endocrino inducido por esteroides anabólicos que tiene como consecuencia muchos efectos nocivos somáticos y psíquicos sobre salud.

Los principales efectos secundarios de los AAS son:

• Cardiovasculares  -  infartos del miocardio, arritmias, muerte cardiaca repentina, trombosis, aumento en el colesterol aterogénico LDL
• Hepáticos  -  formación del quiste del hígado, tumores del hígado  
• Endocrinos y reproductivos  -  debilitación de la función del tiroides, resistencia a la insulina y menor tolerancia a la glucosa, supresión de los niveles de ACTH, LH, y FSH, cambios en las concentraciones de las hormonas masculinas y femeninas
  • Sistema reproductor masculino  -  espermatogénesis deteriorada, infertilidad, atrofia testicular, dificultades eréctiles, cambios en la libido, ginecomastia, calvicie y probablemente hipertrofia de la próstata
  • Sistema reproductor femenino  -  inhibición de la ovulación, irregularidades menstruales, infertilidad, formación de quistes ováricos, alargamiento del clítoris, menor tamaño del pecho, atrofia del útero, cambios en la líbido, agravamiento de la voz, alopecia e hirsutismo
  • Niños y adolescentes - desarrollo del vello púbico, alargamiento clitoriano/fálico y otras muestras del virilización o pubertad precoz        
• Esqueléticos  -  ruptura del tendón, rabdomilosis, cierre prematuro de la epífisis y retraso del crecimiento en adolescentes                 
• Psíquicos  -  Cambios de humor, irritabilidad, agresión incontrolada, otros síntomas y síndromes afectivos o sicopáticos                 
• Otros  -  acné esteroide, tumor renal de Wilm, síndrome de la apnea del sueño y aumento del riesgo de hepatitis y de SIDA (asociados a las agujas compartidas)  

En mujeres, la atrofia del pecho, la hipertrofia del clítoris, los cambios en la voz, el hirsutismo y la alopecia son generalmente irreversibles. Aunque la mayor parte de los otros efectos secundarios inducidos por AAS se consideran reversibles después de retirar el esteroide, algunos casos documentados sugieren que los problemas pueden persistir durante años y que no siempre existe una recuperación. Además, los efectos sobre la salud a largo plazo por abuso de AAS son desconocidos. Por ejemplo, la alteración hormonal que se observa después de la suplementación con prohormonas de la testosterona es similar al perfil hormonal observado en hombres con cáncer de próstata, cáncer testicular y cáncer pancreático.  

Otros efectos secundarios de los agentes anabólicos:
Los efectos secundarios del clenbuterol, como los de otros β2-agonistas son, aumento del ritmo cardíaco, arritmias, muerte cardiaca repentina, temblor y calambres musculares, dolor de cabeza, nerviosismo e insomnio. Ya que el zeranol se utiliza solamente en animales, no hay información sobre sus efectos secundarios en seres humanos, pero los estudios en animales sugieren que tiene efectos tóxicos sobre el hígado y aumenta el riesgo de carcinogénesis hepática. En mujeres, el uso de la tibolona puede dar lugar a náuseas, vómitos, mialgia, dolor de cabeza e hirsutismo. Los efectos secundarios de los SARMs son tan desconocidos que ninguna droga de este tipo aparece en el mercado hasta la fecha.